1. 微生物發酵在工業生產中所佔的重要地位
工業生產上常用的微生物有細菌、放線菌、酵母菌和黴菌，由於發酵工程本身的發展以及遺傳工程的介入，藻類、病毒等也正在逐步成為工業生產的微生物。
1．細菌
工業生產中常用的細菌有：枯草芽孢桿菌、乳酸桿菌、醋酸桿菌、棒狀桿菌、短桿菌、節桿菌、假單胞菌、小球菌等，用於生產乳酸、醋酸、氨基酸、核苷酸、澱粉酶、蛋白酶、脂肪酶、維生素、肌苷酸、丙酮丁醇等產品以及生物防治、細菌浸礦等。
2．放線菌
它的最大經濟價值在於能產生多種抗生素。從微生物中發現的抗生素，有60%以上是放線菌產生的，如鏈黴素、金黴素、紅黴素、慶大黴素等。常用的放線菌主要來自以下幾個屬：鏈黴菌屬、小單孢菌屬和諾卡氏菌屬等。近年來也用放線菌生產氨基酸、核苷酸、維生素和酶制劑等。
3．酵母菌
工業上常用的酵母菌有：啤酒酵母、假絲酵母、類酵母等，用於釀酒、製造麵包、製造低凝固點石油、生產酒精、脂肪酶，以及生產可食用、葯用和飼用的酵母菌體蛋白等。
4．
黴菌
工業上常用的黴菌有：藻狀菌綱的根霉、毛霉、犁頭霉、子囊菌綱的紅麴黴，半知菌類的麴黴、木霉、青黴等；它們可用於生產多種酶制劑、抗生素、有機酸、生長素及甾體激素等。